Jag tror inte att man kan hoppa över det beteendet. Du skickar tekniskt en sträng, så CI tolkar den som sådan och omger den helt enkelt med citattecken.
Jag tror att du är bättre att helt enkelt sammanfoga $empIDs för hand (t.ex. med en foreach loop), undviker dem med $this->db->escape() om du vill vara säker.