ÄNTLIGEN HAR DET!!!
Jag gjorde följande:
Window -> Preferences -> Java -> Build Path -> Classpath Variables
klickade sedan på ny, angav ett namn, klickade sedan på filen och navigerade till mysql-anslutningen och tryckte sedan på ok!!
Inte helt säker på varför detta fungerade, men när jag gjorde ungefär samma sak, men för ett enskilt projekt gjorde det inte, men det fungerade, och det är huvudsaken!!
Tack till alla som svarat och erbjöd mig lite hjälp. Det tog ett tag, men jag kom dit till slut!! :o)