mySQL summan av två värden i två olika tabeller

Du måste UNION de två tabellerna:

SELECT reference, SUM(quantity) AS total_quantity
FROM (
  SELECT reference, quantity
  FROM table_1

  UNION ALL

  SELECT reference, quantity
  FROM table_2) AS t
GROUP BY reference

På så sätt är du garanterad att få en post för en reference värde även om detta endast finns i en av de två tabellerna.