Jag tittade på fel ställe! Problemet kom inte från löparen utan från SONAR själv. Jag var tvungen att ändra ekolodskonfigurationsfilen '/opt/ekolod' och starta om den. På inställningssidan kan jag nu se att ekolodet körs på mysql. Jag har ett annat problem med löparen, men det är inte relaterat till problemet ovan.
Så se till att både SONAR och SONAR-RUNNER är konfigurerade för att fungera med mysql.