MySQL utelämnar rader som en användare redan har sett från att kontrollera en sett tabell

Du måste flytta begränsningen till uuid_user från WHERE sats till ON klausul i sammanfogningen:

SELECT * 
FROM maintable m 
LEFT JOIN seentable s 
    ON m.uuid = s.uuid AND s.uuid_user = '[user]'
WHERE s.uuid IS NULL;

Ovanstående är logiken du vill ha här. Nu sker en lyckad koppling mellan poster från de två tabellerna när uuid värden matchar och när uuid_user värde från den sedda tabellen matchar något värde. Observera att bör uuid_user värde inte matchar för någon post skulle den inte filtreras bort, vilket är vad som kommer att hända med din aktuella fråga.