Det beror på att du fortfarande har kategorierna i arrayen när du redan har tilldelat dem. Vad du kan göra är att göra funktionen där du skickar argumentet som en referens, och i foreach-slingan för att ha förmågan att rensa arrayen från den redan tilldelade kategorin. Enkel implementering nedan.
function getChildren(&$rows, $p = 0) {
$r = array();
foreach($rows as $row_id => $row) {
if ($row['parent_node']==$p) {
$r[$row['product_category_code']] = getChildren($rows, $row['product_category_code']);
unset($rows[$row_id]);
}
}
return $r;
}