Personlig åsikt:Du bör inte använda MyISAM för något nytt. InnoDB stöder massor av funktioner som MyISAM inte har, de viktigaste är transaktioner, följt av referensintegritet och en massa andra föremål.
Många människor kommer att försöka hävda att MyISAM är snabbare och att det fortfarande har en plats, men a) det gapet har slutit avsevärt, och snabbare kan göras utanför databasen (dvs. memcachad, etc), och b) en snabb databas med dålig data är inte så användbart.