I grund och botten har mysql en variabel radlängd så länge man inte ändrar på en per tabell-nivå. Således kommer tomma kolor inte att använda något utrymme (nåja, nästan).
Men med blobbar eller textkolumner kan det vara bättre att normalisera dessa, eftersom dessa kan ha stora data att lagra och detta måste läsas/hoppas över varje gång en tabell skannas. Även om kolumnen inte finns i resultatuppsättningen och du gör frågor utanför ett index, kommer det att ta sin tid på ett stort antal rader.
Som en bra praxis tror jag att det kommer att gå snabbt att lägga alla administrativa och ofta använda kolor i en tabell och normalisera resten. En sorts "vertikal" design som i ditt andra exempel kommer att vara komplex att läsa och så fort du arbetar med tillfälliga tabeller kommer du att stöta på prestandaproblem förr eller senare.