site.cfg i samma katalog som setup.py letade efter fel registreringsnyckel, i slutet av filen är
# The Windows registry key for MySQL.
# This has to be set for Windows builds to work.
# Only change this if you have a different version.
registry_key = SOFTWARE\MySQL AB\MySQL Server 5.0
Jag doppade in i registret och hittade HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\MySQL AB\ och såg att jag hade 5.1 istället,
rapporterar ett annat fel nu, men denna fråga är åtminstone löst;)