Svarar igen till mig själv:
Vi slutade först med att använda socketTimeout specificerad för MySQL-drivrutinen så att anslutningstestet inte fastnar.
Det verkar som att de underliggande TCP-anslutningarna hamnade så att det inte finns något svar från servern (TCP ACK eller något).
UPPDATERING:Den slutliga lösningen fick med att ge tcpdump för AWS-stöd, de fick reda på något fall inom AWS-infrastruktur. De rådde oss att öppna det tillfälliga portintervallet i vår EC2-instanss säkerhetsgrupp. Mer diskussion på AWS-forum .