1064, Du har ett fel i din SQL-syntax;... Python MySQL

data värde är en lista och du försöker formatera den i frågan. Och, använd inte strängformatering för att infoga variabler i en fråga - använd en korrekt frågeparameterisering istället:

cursor.execute("""
    UPDATE 
        tplinkus_rma.rma_order 
    SET 
        rma_num=%s 
    WHERE 
       order_id=%s""", (data[0], Id))

Notera hur frågeparametrarna placeras i en tupel och skickas som ett separat argument.