Jag har just stött på det här felet och det verkar som att lösningen var att använda IGNORE uttalande:
ALTER IGNORE TABLE `table` CHANGE COLUMN `col` `col` int(11) NOT NULL;
Observera att du fortfarande kan ha problem med datatrunkering, så se till att detta är det önskade resultatet. Genom att använda IGNORE-satsen kommer den att undertrycka de trunkerade datafelen för NULL-värden i kolumner (och möjligen andra fel!!!)