Jag är inte säker på vad som orsakar detta men att ändra din hanterare till det mer specifika SQL-felet kan fungera i det här fallet
DECLARE CONTINUE HANDLER FOR SQLSTATE '02000' SET updateDone = 1;
Du kanske försöker byta om och hämta
IF updateDone =1 THEN
LEAVE doUpdate;
END IF;
FETCH updater INTO Id, Elm, ElmParent, Type, Processed, Country;
detta säkerställer att FETCH inte exekveras om CONTINE HANDLER redan har signalerat att du inte har registrerats.