Jag är inte riktigt säker på varför det hände, men jag verkade hitta en lösning. Jag använder South för att hantera DB; det skapade meddelanden som InnoDB och AffiliateLead som MyISAM. Att ändra tabellen AffiliateLead till InnoDB avslutade IntegrityErrors. Hoppas detta hjälper någon annan.
