Du kan prefixa tabellnamnen med databasnamnet för att identifiera de två tabellerna med liknande namn. Du kan sedan använda det fullständigt kvalificerade tabellnamnet för att referera till fälten med liknande namn.
Så, utan alias:
select db1.table1.id, db1.table1.value1, db2.table1.value1
from db1.table1 inner join db2.table1 on db1.table1.id = db2.table1.id
och med alias
select t1.id, t1.value1, t2.value1
from db1.table1 as t1 inner join db2.table1 as t2 on t1.id = t2.id
Du kanske också vill alias de valda kolumnerna så att din valrad blir:
select t1.id as id, t1.value1 as value_from_db1, t2.value1 as value_from_db2