Det låter svårt. Jag förstår inte varför 32000 - vägrar mysql att skapa fler databaser än så? Vilket fel får du? Verkar godtyckligt - detta kanske är en konfigurationsvariabel som kan ändras?
Några möjligheter. Du kan köra mer än en mysql-server , var och en med en annan datakatalog. Jag tror inte att det skulle hjälpa, men du kan kolla in NDB-lagringsmotorn, den kan hantera tabellutrymmen vilket bara kan låta dig lagra data på flera platser.