Frågan handlar egentligen om hur man normaliserar data när man förväntar sig att det ska finnas dubbletter. Och undvik sedan att "bränna" ID.
http://mysql.rjweb.org/doc.php/staging_table#normalization diskuterar en 2-stegsprocess och syftar till massuppdateringar på grund av höghastighetsintag av rader. Det urartar till en enda rad, men kräver fortfarande de två stegen.
Steg 1 INSERTs någon ny rader, skapa nya auto_inc-id.
Steg 2 drar tillbaka id-erna i massor.
Observera att arbetet görs bäst med autocommit=ON och utanför huvudtransaktionen som laddar data. Detta undviker en extra orsak till att bränna ID, nämligen potentiella återställningar.