Om du gör en UPDATE LOW_PRIORITY table ... du kommer att se till att den bara kör din uppdatering när den inte gör något annat. Förutom det tror jag inte att det finns så många alternativ i MySQL.
Också, orsakar det problem nu eller optimerar du helt enkelt något som inte är ett problem? Personligen, om jag skulle batcha uppdateringar som dessa, skulle jag helt enkelt infoga alla ID:n i memcached och använda en cronjob för att uppdatera var 5:e minut.