Du kan undersöka att ändra dessa egenskaper hos mysql-servern:
nano /etc/mysql/my.cnf
query_cache_size=16M
key_buffer_size=256M
Eller kanske till och med försöka öka den tillåtna exekveringstiden för frågan från mysql-klienten:
SET GLOBAL MAX_STATEMENT_TIME=1000;
innan du utför din fråga.