För att lösa det här felet lägger jag detta på min App.config:"codeConfigurationType"
<entityFramework codeConfigurationType="MySql.Data.Entity.MySqlEFConfiguration, MySql.Data.Entity.EF6">
Varför? Det är möjligt att konfigurationerna inte anger platsen för MySqlEFConfiguration.
Jag använder här endast Mysql , jag vet inte om detta fungerar på SQLServer och Mysql togueter.
För ditt problem kan denna länk vara användbar:Länk
Och du kan ha 2 separerade configuration.cs-filer. En för MySql och annat för MSSQL