MySQL-optimering på sammanfogningstabeller med intervallkriterier

chrom_only är sannolikt ett dåligt indexval för din anslutning eftersom du bara har chrom 22-värden.

Om jag har tolkat detta rätt bör frågan vara snabbare om jag använder start_end

SELECT `inVar`.chrom, `inVar`.pos, `openChrom_K562`.score
FROM `inVar`
LEFT JOIN `openChrom_K562`
USE INDEX (`start_end`)
ON (
`inVar`.chrom=`openChrom_K562`.chrom AND
`inVar`.pos BETWEEN `openChrom_K562`.chromStart AND `openChrom_K562`.chromEnd
)