Du kan inte skapa främmande nycklar i InnoDB tabeller som hänvisar till MyISAM tabeller.
http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/en/innodb-foreign-key-constraints.html
Så ja, du måste manuellt genomdriva begränsningarna från din applikationskod om du inte ändrar lagringsmotorn.
LIKE '%XXX%' sökningar är inte fulltext; såvida du inte faktiskt har angett ett fulltextindex och använder fulltextmatchningsfunktioner, behöver du inte använda MyISAM-motorn.