FYI, det visar sig att vid migrering av databasen finns det en del statistik som används för att motoroptimeraren ska bestämma den bästa strategin för att t.ex. gå med i tabeller, som tydligen inte kopierades.
Lösningen är att köra ANALYZE på var och en av tabellerna för att "återskapa" sådan information. Så efter att ha gjort ANALYSER till var och en av tabellen, och kör explain kommandot igen, utgången överensstämmer och frågehastigheten ökar dramatiskt.