Kontrollera om värde finns i mysql

Som andra har sagt, du borde verkligen använda SUB. Men för att svara på din fråga är mysql_num_rows din lösning.

$query = mysql_query("SELECT * FROM products WHERE code='$line_of_data[0]' AND alert_quantity = '$line_of_data[1]'") or die(mysql_error());

if (mysql_num_rows($query))
// Data is already in database
else
// Data not in database