Frågan bör vara enligt nedan, du har gått med i samma tabell och därav problemet med unika alias. Jag har lagt till tabellalias för bättre läsbarhet.
UPDATE
sales_flat_order sfo
INNER JOIN sales_flat_order_grid sfog
ON sfog.entity_id = sfo.entity_id
SET sfo.coupon_code = "newcoupon"
WHERE sfog.increment_id = "12345678" ;