Om du arbetar med små databaser har jag funnit att mysqldump körs på båda databaserna med --skip-comments och --skip-extended-insert alternativ för att generera SQL-skript och sedan köra diff på SQL-skripten fungerar ganska bra.
Genom att hoppa över kommentarer undviker du meningslösa skillnader som när du körde kommandot mysqldump. Genom att använda --skip-extended-insert kommando du säkerställer att varje rad infogas med sin egen insert-sats. Detta eliminerar situationen där en enda ny eller modifierad post kan orsaka en kedjereaktion i alla framtida infogningssatser. Att köra med dessa alternativ ger större dumpar utan kommentarer så det här är förmodligen inget du vill göra i produktionsanvändning men för utveckling borde det gå bra. Jag har lagt in exempel på de kommandon jag använder nedan:
mysqldump --skip-comments --skip-extended-insert -u root -p dbName1>file1.sql
mysqldump --skip-comments --skip-extended-insert -u root -p dbName2>file2.sql
diff file1.sql file2.sql