Modellen du beskriver (alla taggar i en enda cell, separerade med mellanslag) är inte normaliserad så du kan inte förvänta dig att hitta ett enkelt, prestandafullt och pålitligt sätt att göra saker med den från databasservern (utöver att läsa kolumnen). Som det är nu är PHP din enda chans att göra den rensning du planerar att göra, och du måste hämta varje rad.
Är det för sent att göra en liten förändring i databasens design? Om du lagrar varje tagg i en separat rad i en tag tabell skulle du kunna göra massor av saker från vanlig SQL.