Eller ändra båda applikationerna så att Java-appen verkligen är ägaren till MySQL-databasen och exponerar den som en tjänst. Du kopplar ihop de två apparna på databasnivå genom att göra vad du föreslår.
Om du har en ägare till data kan du dölja schemaändringar och liknande bakom tjänstens gränssnitt. Du kan också göra det möjligt att ha en publicerings-/prenumerationsmekanism för att uppmärksamma intresserade parter om databasändringar. Om dessa saker är viktiga för dig, skulle jag överväga att låta en annan applikation komma åt MySQL direkt.