Felet förklaras mycket tydligt i varningsmeddelandet, det ignorerar din my.cnf .
Försök att köra följande och starta sedan om servern
chown mysql:mysql /etc/mysql/my.cnf
chmod 600 /etc/mysql/my.cnf
Detta kommer att ställa in ägaren av filen till mysql och behörigheterna 600 ger bara användaren mysql åtkomst till att läsa och skriva till filen, kommer det inte att tillåta åtkomst för alla andra användare.