Jag är inte så bekant med mySqls många egenheter, men det här borde också fungera, och kanske kommer mySql inte att kvävas av det:
delete from articles
where not exists (
select id from authors
where authors.id = articles.author_id
)
Um, naturligtvis har vi alltid en säkerhetskopia av tabellen innan vi försöker radera uppsättningar :)