Ja, det kan ha effekt.
Naturligtvis tar de två indexen extra utrymme på disken och även i minnet om de används.
Men de gör också att frågeoptimeraren gör mer arbete för att beräkna nyttan av varje index under varje SELECT. Ju fler index du har, desto fler fall måste det jämföras. Så det lönar sig att eliminera verkligt redundanta index.
Som andra också har noterat uppdateras index under INSERT/UPDATE/DELETE operationer, så ju fler index du har, desto mer overhead representerar detta. Index som får mycket användning motiverar sina egna omkostnader, men dubbletter av index kräver mer omkostnader utan någon ytterligare fördel att matcha.
Om du är intresserad har Percona Toolkit ett verktyg pt-duplicate-key-checker som söker i alla dina tabeller efter sådana här fall.