Om någon fortfarande bryr sig:
Jag hade samma problem efter att ha kopierat en databaskatalog direkt med kommandot
cp -r /path/to/my/database /var/lib/mysql/new_database
Om du gör detta med en databas som använder InnoDB tabeller kommer du att få det här galna "tabellen finns inte"-fel som nämns ovan.
Problemet är att du behöver ib* filer i roten av MySQL datadir (t.ex. ibdata1 , ib_logfile0 och ib_logfile1 ).
När jag kopierade dem fungerade det för mig.