Jag tror att nyckelinställningarna du bör titta på är key_buffer_size , myisam_max_sort_file_size och myisam_sort_buffer_size . key_buffer_size är en av de viktigaste inställningarna överlag för MyISAM, men de andra två kan behöva lite förklaring.
Från http://dev.mysql.com/ doc/refman/5.0/en/server-system-variables.html :
myisam_max_sort_file_size
myisam_sort_buffer_size
Så i princip, om du förväntar dig att dina index ska vara större än myisam_max_sort_file_size , du kanske vill titta på att justera det. Om inte, myisam_sort_buffer_size kan motivera lite uppmärksamhet.
Tänk på att skapa index på en MyISAM-tabell låser hela tabellen. Om du gör detta ständigt på stora bord kan du få allvarliga prestandaproblem, oavsett hur många inställningar du justerar.