Jag hade samma problem för ett par veckor sedan. Databasmappen i filsystemet ägdes av fel användare. En enkel chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql/database_name gjorde susen!
Allt förklaras här:http://www.dinosources.eu/2010 /10/mysql-cant-create-table (det är italienskt, men det är ganska tydligt)
Skål