Se ävenhttp://www.mysqlperformanceblog.com/2006/07/12/insert-into-select-performance-with-innodb-tables/
om du inte använder replikering, kan du ändra innodb_locks_unsafe_for_binlog för att ändra detta låsbeteende.
Eller kan dumpa data till en fil och sedan ladda om data från en fil. Detta undviker också låsen.