Jag hade samma problem när jag uppdaterade mysql-servern från 5.5 till 5.7 i Debian 8 (jessie). I sällsynta fall händer det troligtvis om du uppdaterar direkt förbi sekvenserna av versioner. (Många människor gör detta, men sådana uppgraderingar stöds inte officiellt). I mitt fall fungerade det bra när jag körde kommandot nedan:
mysql_upgrade --force -uroot -p
Jag hoppas att detta kommer att hjälpa dig