Försök att börja med Percona-guiden och jämföra deras rekommendationer med dina nuvarande inställningar en efter en. Oroa dig inte, det finns inte så många tillämpliga inställningar som du kanske tror.
https://tools.percona.com/wizard
Uppdatering cirka 2020 :Ursäkta, det här verktyget nådde sitt slut:https://www.percona.com/blog/2019/04/22/end-of-life-query-analyzer-and-mysql-configuration-generator/
Alla pekar på key_buffer_size först som du har tagit upp. Med 96 GB minne skulle jag vara försiktig med ett litet standardvärde (förmodligen bara 96 miljoner!).