Efter mer grävande (läs frenetisk googling) hittade jag problemet och lösningen här
Summan av kardemumman, när webbplats A accepterar en begäran, laddar php dess .env-variabler för hela längden av http-förfrågan. Under den begäran, när webbplats A anropar webbplats B, eftersom de är på samma server som kör samma php, använder php fortfarande .env från webbplats A och laddar inte plats B:s .env-fil separat alls.
Författarens bättre förklaring: