Använd LEFT JOIN istället för INNER JOIN :
SELECT c.id, c.name, c.unit, COUNT(p.category_id) as active_count
FROM `categories` c
LEFT JOIN `products` p
ON c.id = p.category_id AND p.is_active = 1
GROUP BY c.id;
Det är också viktigt att flytta predikatet p.is_active = 1 från WHERE sats till ON , så att alla poster av categories tabell returneras av frågan.