Jag hade samma problem. I mitt fall körde bara kommandot nedan kopplat till min databas av Workbench:
SET SESSION old_passwords=0;
SET PASSWORD FOR my_user=PASSWORD('my_password');
Efter det kunde jag ansluta med MySql Connector 6.6.5 i c#-koden med den vanliga mysql-anslutningssträngen:
"server=my_server_ip;user=my_user;database=my_db;port=3306;password=my_password;"