Jag hittade anledningen till att anslutningen inte fungerade, det var för att anslutningen försökte ansluta till port 8888, när den behövde ansluta till port 8889.
$conn = new PDO("mysql:host=$servername;port=8889;dbname=AppDatabase", $username, $password);
Detta löste problemet, även om byte av servernamn till localhost fortfarande ger felet.
Anslutning misslyckades:SQLSTATE[HY000] [2002] Ingen sådan fil eller katalog
Men den ansluter framgångsrikt när IP-adressen anges för servernamnet.