Jag kom på problemet. Du kan bara använda db init, migrera, uppdatera skript efter att db.create_all() är klar.
Detaljer finns här:
http://flask-sqlalchemy.pocoo.org/2.3/quickstart/
Om du får följande felmeddelande:
No application found. Either work inside a view function or push an application context.
Kolla följande artikel:http://flask-sqlalchemy.pocoo.org/2.3/contexts /