Jag lade upp problemet på gitlab, vilket hjälpte mig att lösa problemet.https:/ /gitlab.com/gitlab-org/omnibus-gitlab/issues/277
Om någon annan har det här problemet eller stöter på detta lägger jag upp en snabb genomgång av hur jag fixade det. I mitt fall saknade jag några DB-relationer. Så du kan kontrollera det genom att körasudo gitlab-rake db:migrate:status Om någon av dessa säger ned, så tillämpades de inte.
Du kan försöka fixa det genom att körasudo gitlab-ctl reconfigure i mitt fall löste det inte problemet. Jag var tvungen att manuellt säga åt den att köra DB-migreringarna med följande kommandosudo gitlab-rake db:migrate
Efter det när jag körde sudo gitlab-rake db:migrate:status de var alla uppe och jag har inga fler 500 fel när jag använder webbplatsen.