Underfrågor ärver kolumner från yttre frågor.
Jag antar att din SomeOtherDb.dbo.Customer har en CustomerId-kolumn (vilket också verkar troligt utifrån namnen).
Vilket då också förmodligen betyder att du inte gör med underfrågan vad du vill göra med den - om tabellen i underfrågan inte har en CustomerId-kolumn (och det verkar så, annars skulle det inte bli något fel när du kör underfrågan i själv), väljer och returnerar underfrågan det yttre kund-ID:t, och eftersom det är den enda kolumnen i underfrågan är underfrågan värdelös.