Eftersom du sa att det är en automatisk process som bör ske varje dag, kan du skapa ett SSIS (ETL) jobb för att göra detta och du kan schemalägga jobbet så långt att det körs varje dag.
Här är länken som tydligt förklarar hur man skapar ett ETL-paket som platt filkälla och databasdestination.
Denna länk hjälper dig med steg för steg procedur för att schemalägga ett jobb i SQL Server Agent.
Du kan välja mappsökväg istället för filnamn i källan så att ETL Job kommer att flytta alla filer i mappen till destinationstabellen en gång per dag.