Problemet är formatet på din json-data, som kommer från den (associativa) $output-arrayen. du vill inte ha de där "PER" i den! försök ersätta dessa kodrader:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e;
print(json_encode($output));
med dessa:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e["PER"];
print ('['.json_encode($output).']');
detta kommer att ändra $output från en associativ array till en standardarray med heltal.
och utskriftsraden lägger till ytterligare hakparenteser runt json-data - vilket jqplot kräver.