Som redan nämnts - du kommer måste skriva en app för att göra detta, men helst skulle du kunna få rådata från det externa företaget istället för att behöva bearbeta PDF:en.
Men om du gör vill extrahera data från PDF:en har jag använt iText
och tyckte att den var mycket kraftfull, pålitlig och viktigast av allt - gratis . Den finns i Java och .Net-smaker - iTextSharp
är .Net-versionen. Det låter dig programmera manipulera PDF-dokument och det kommer att exponera innehållet i PDF:en för programmet du skriver.