SP är förkompilerade, det kan vara så att en "dålig" frågeplan används som inte är bra för argumenten som skickas in i SP. Du kan lägga till ett OPTION (RECOMPILE) på frågorna inuti SP för att tvinga SQL Server att köra frågan igen genom frågeoptimeraren och hitta den bästa frågan för de givna parametrarna.
Se här eller här för några exempel och bakgrundsinformation...