Spara först din fråga i en sql-textfil (textfil med filtillägget .sql). Se till att lägga till USE-satsen i början, som talar om för servern vilken databas du vill arbeta med. Med exemplet från MSDN:
USE AdventureWorks2008R2;
GO
SELECT p.FirstName + ' ' + p.LastName AS 'Employee Name',
a.AddressLine1, a.AddressLine2 , a.City, a.PostalCode
FROM Person.Person AS p
INNER JOIN HumanResources.Employee AS e
ON p.BusinessEntityID = e.BusinessEntityID
INNER JOIN Person.BusinessEntityAddress bea
ON bea.BusinessEntityID = e.BusinessEntityID
INNER JOIN Person.Address AS a
ON a.AddressID = bea.AddressID;
GO
Sedan kör du SQLCMD i din batchfil och skickar den SQL-filen (med sökväg) som en parameter.
Om du också behöver autentisera måste du lägga till parametrar -U och -P i ditt SQLCMD-kommando.
Här är en MSDN-artikel som handlar om sqlcmd-verktyget med mer information.