Korskopplingsbeteende (SQLServer 2008)

JOIN har en högre prioritet än ett KOMMA, så ditt andra påstående tolkas som (observera parens jag lade till):

select sched.id, max(txn.dttm), acc.id
from PaymentSchedulePeriod sched 
,(PaymentSchedulePayment pay
right outer join AccountTransaction txn on pay.accountTransactionFk=txn.id 
right outer join Account acc on txn.accountFk=acc.id)
where sched.accountFk=acc.id 
group by sched.id, acc.id

Se även:JOIN precence-regler per SQL-99